Đế quốc Mông Cổ hồi đầu được phân chia thành 5 phần chính[15] và nhiều hãn quốc nhỏ. Nổi bật trong số đó là:

• Mông Cổ, Nam Xibia và Mãn Châu thuộc chính quyền Karakorum;
• Bắc Trung Quốc và Tây Tạng thuộc chính quyền Yên Kinh;
• Khorazm, Transoxiana và các ốc đảo ở Hami thuộc Beshbalik
• Ba Tư, Gruzia, Armenia, Cilicia và Thổ Nhĩ Kỳ (phần lãnh thổ thuộc Đế quốc Đại Seljuq trước đó) do nhà nước Amu Daryaquản lý
• Kim Trướng hãn quốc, về sau được phân chia thành 10 tỉnh.[16]